Foi distinguido com os seguintes Prêmios: Orquestra Sinfônica Brasileira (1943), Chamber Music Guild de Washington e RCA Victor (1944), Interventor Dornelles (1945), Guggenheim Foundation Fellowship (New York, 1945), Governo Francês para estudos de pós graduação em Paris (1947), Lili Boulanger (Boston, 1948), Berkshire Music Center (Boston, 1949), Medalha de Ouro da Associação de Críticos Teatrais do Rio de Janeiro (1950), numerosos prêmios para trilha sonora de filmes, inclusive o Estadual de São Paulo e Medalha de Ouro da Associação de Críticos de Cinema do Rio de Janeiro (entre 1951 e 1958), Internacional da Paz (Viena, 1953), Saci (Oscar brasileiro, 1954), Estado de São Paulo (1959), Teatro Municipal do Rio de Janeiro (1960), Ministério da Educação e Cultura (pela inauguração de Brasília -1960), Associação Jornalistas de Brasília (1964), Jornal do Brasil (1965), Melhor Obra do Festival da Guanabara (1970) Governo do Estado do Rio (1973), Golfinho de Ouro (1977), Moinho Santista (1979), Ciccilo Matarazzo (1985), Shell (1985), Lei Sarney (1987).
Recebeu as seguintes condecorações: Governo do Amazonas (1969), Bundesverdienstkreuz (Rep. Federal Alemã, 1979), Medalha do Mérito do Estado do Amazonas (1982), Ordem do Rio Branco (1985), Ordem do Mérito de Brasília (1986), Governo da Bulgária (1986), Governo da Polônia (1987), Ordem do Mérito do Alvorada (1987), Governo da França (póstumo, 1989). E a Câmara Legislativa do Distrito Federal – através de projeto da Deputada Lúcia Carvalho – concedeu-lhe o titulo de Cidadão Honorário de Brasília, em sessão solene realizada no Teatro Nacional Claudio Santoro em 01-08-2003 e a Universidade de Brasília concedeu-lhe o título de Doutor Honoris Causa em 19-10-2005.
Convidado pelo Governo da República Federal Alemã para o Programa "Artista Residente de Berlim Ocidental (1966/7) e pela Fundação Brahms para Artista Residente da Casa de Brahms (Baden Baden), entre os cargos desempenhados, títulos e atividades destacam-se:
Fundador e Maestro Titular das Orquestras de Câmara da Rádio MEC e da Universidade de Brasília, das Orquestras Sinfônicas da Rádio Club do Brasil e do Teatro Nacional de Brasília; Professor Titular, Coordenador para os Assuntos Musicais, Diretor e Organizador do Departamento de Música da Universidade de Brasília; Presidente da Ordem dos Músicos do Brasil (Seção Brasília); Diretor Musical da Fundação Cultural do Distrito Federal; Membro do Conselho Diretor do Conselho Interamericano de Música (O.E.A); Organizador e Diretor do Centro de Difusão e Informação para a música da América Latina junto ao Instituto de Estudos Comparativos da Música e Documentação (Berlim Ocidental); Membro da Academia Brasileira de Música, da Academia Brasileira de Artes e da Academia de Música e Letras do Brasil, da qual foi Presidente. Entre 1970 e 1978 foi, por concurso, Professor de Regência e Composição, Diretor da Orquestra e do Departamento de Músicos de Orquestra da Escola Estatal Superior de Música Heidelberg Mannheim, na Alemanha Ocidental.
Regente convidado das mais importantes orquestras do mundo Filarmônica de Leningrado, Estatal de Moscou, RIAS Berlin, ORTF Paris, OSSODRE Montevidéu, Beethovenhalle Bonn, Sinfônica da Rádio de Praga, Filarmônica de Bucarest, Sinfônica de 0 Porto, Filarmônica de Sofia, PRO ART (Londres) Île de France (Paris), Sinfônica da Rádio de Leipzig, Sinfônica de Magdeburg, Filarmônica de Varsóvia etc. alem de todas as Orquestras brasileiras.
Claudio Santoro faleceu em Brasília a 27 de março de 1989, regendo, durante o ensaio geral do 1º concerto da temporada, que seria em homenagem ao Bicentenário da Revolução Francesa. Sua atuação a nível artístico, educacional e político foi marcante e influenciou várias gerações, tendo dado vida a inúmeras organizações de caráter musical ou cunho pedagógico e fisionomia a instituições de ensino e até mesmo a cidades.
Após sua morte, o Governador Orestes Quércia (SP) baixou decreto dando ao Auditório de Campos de Jordão o nome de Claudio Santoro. A Prefeitura de Uberlândia deu seu nome a uma praça e a Prefeitura de Cascavel também assim denominou sua Sala de Espetáculos. E a 1º. de setembro de 1989 o Senado Federal - através de projeto do Senador Maurício Correia, aprovado pela Comissão do Distrito Federal - promulgou Lei que denomina de Teatro Nacional Claudio Santoro o até então Teatro Nacional de Brasília.